除菌過(guò)濾器最重要的就是消毒了，高溫蒸汽消毒是給除菌過(guò)濾器進(jìn)行消毒處理很有效的辦法了，使用飽和高溫蒸汽并保持一段時(shí)間可以殺死活動(dòng)微生物。同其它消毒方法相比，高溫蒸汽消毒的優(yōu)點(diǎn)在于可以同時(shí)對(duì)整個(gè)過(guò)濾器系統(tǒng)中的任何部位進(jìn)行消毒處理，而采用此方法的缺點(diǎn)在于消毒過(guò)程中會(huì)使除菌過(guò)濾器的濾芯同時(shí)承受熱應(yīng)力和機(jī)械應(yīng)力。

　　除菌過(guò)濾器濾芯在消毒過(guò)程中需要在121℃溫度下保持30分鐘。蒸汽的溫度和保持時(shí)間必須達(dá)到要求從而能夠確保消毒干凈，消毒過(guò)程必須要采用純凈、飽和高溫蒸汽（通過(guò)過(guò)濾使其精度達(dá)到1μm），而且消毒過(guò)程中必須始終保持蒸汽的飽和性。
　　使整個(gè)過(guò)濾器系統(tǒng)達(dá)到消毒溫度的時(shí)間取決于蒸汽的流速和系統(tǒng)的實(shí)際尺寸，消毒蒸汽的保持時(shí)間須從過(guò)濾器系統(tǒng)溫度最低的部位達(dá)到消毒溫度時(shí)算起。只有當(dāng)過(guò)濾器系統(tǒng)內(nèi)部全部充滿(mǎn)著消毒蒸汽，而且產(chǎn)生的冷凝液可以從排放閥門(mén)自由流出時(shí)，才可以確認(rèn)達(dá)到了消毒溫度。消毒過(guò)程中，不銹鋼殼體除菌過(guò)濾器的通氣口應(yīng)稍稍打開(kāi)，從而確保過(guò)濾器內(nèi)充滿(mǎn)足夠的飽和蒸汽；鑄鋁殼體除菌過(guò)濾器的濾芯應(yīng)單獨(dú)消毒處理。
　　每個(gè)除菌過(guò)濾器的濾芯在使用之前都應(yīng)該進(jìn)行消毒處理：
　　消毒周期
　　壓力為1.1bar，溫度為100°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用120次；
　　壓力為2.0bar，溫度為121°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用100次；
　　壓力為4.0bar，溫度為138°C飽和蒸汽條件下，濾芯最多可消毒使用50次；